종부세·양도세 공제를 실거주 중심으로 바꾸면 누가 유리할까?

아래 내용은 확정된 세법 개정안이 아니라 2026년 7월 16일 부동산 세제 국민 의견 경청 토론회에서 제시된 의견을 바탕으로 정리한 것입니다.

“집은 오래 가지고만 있으면 세금을 깎아줘야 할까요, 아니면 실제로 오래 거주한 사람에게 혜택을 줘야 할까요?”

최근 부동산 세제 토론회에서 종합부동산세와 양도소득세의 각종 공제를 보유기간보다 실제 거주기간 중심으로 개편해야 한다는 의견이 제시됐습니다.

이 방향으로 제도가 바뀐다면 실제로 오랫동안 거주한 1주택자는 상대적으로 유리해질 수 있지만, 주택을 오래 보유하면서 임대를 주거나 다른 곳에서 생활한 사람은 세 부담이 늘어날 수 있습니다.

다만 종부세와 양도세는 현재 공제 구조가 서로 다르므로 구분해서 살펴봐야 합니다.

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현재 종부세 공제는 실거주 여부를 보지 않는다

현재 종부세는 일정한 1세대 1주택자에게 기본공제 12억원을 적용하고, 산출세액에서 고령자 세액공제와 장기보유 세액공제를 추가로 적용합니다.

장기보유 세액공제는 다음과 같습니다.

• 5년 이상 보유: 20%
• 10년 이상 보유: 40%
• 15년 이상 보유: 50%

고령자 세액공제는 다음과 같습니다.

• 만 60세 이상: 20%
• 만 65세 이상: 30%
• 만 70세 이상: 40%

두 공제는 중복 적용할 수 있지만 합산 한도는 80%입니다.

여기서 중요한 점은 실제 거주기간은 종부세 세액공제 요건이 아니라는 것입니다.

예를 들어 한 주택을 15년 동안 보유했지만 대부분 임대를 주고 다른 곳에서 거주했더라도, 다른 요건을 충족하면 장기보유 세액공제 50%를 받을 수 있습니다.

이번 토론회에서는 이러한 장기보유 공제를 실거주기간에 따른 공제로 바꾸자는 의견이 제시됐습니다.

구체적으로 5년 이상 거주하면 10%, 이후 거주기간이 5년 늘어날 때마다 10%포인트씩 가산하여 20년 이상 거주한 경우 최대 40%를 적용하는 방안 등이 언급됐습니다. 다만 이는 토론자가 제안한 하나의 방안입니다.

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양도세는 이미 보유기간과 거주기간을 함께 본다

양도소득세는 종부세와 조금 다릅니다.

현재 일정한 1세대 1주택자가 양도가액 12억원을 초과하는 고가주택을 양도하면, 12억원 초과분에 해당하는 양도차익에 대해서만 과세합니다.

여기에 장기보유특별공제를 적용할 수 있는데, 2021년 이후 양도하는 일정한 1세대 1주택은 다음과 같이 공제율이 나뉩니다.

• 보유기간에 따른 공제: 연 4%, 최대 40%
• 거주기간에 따른 공제: 연 4%, 최대 40%
• 합계 최대 공제율: 80%

예를 들어 10년 이상 보유하고 10년 이상 거주했다면 보유분 40%와 거주분 40%를 합쳐 최대 80% 공제를 적용받을 수 있습니다.

따라서 양도세는 이미 실거주기간을 반영하고 있습니다.

이번 논의의 핵심은 현재의 보유기간 공제 40%를 줄이거나 폐지하고, 실거주기간에 더 큰 비중을 두자는 것입니다.

토론회에서는 단순히 오래 보유했다는 이유만으로 공제하는 것은 투자 목적의 주택 보유를 지원할 수 있으므로, 10년 이상 실제로 거주한 경우에 공제하는 등 실거주 중심으로 재설계해야 한다는 의견이 나왔습니다.

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실거주 중심으로 바뀌면 누가 유리할까?

1. 한 집에서 오랫동안 실제로 거주한 사람

가장 유리할 가능성이 높은 사람은 주택을 장기간 보유하면서 실제로도 계속 거주한 1주택자입니다.

실거주기간이 공제의 핵심 기준이 되면 다음과 같은 사람은 제도 취지에 가장 잘 부합합니다.

• 한 주택에서 10년 이상 계속 거주한 사람
• 직장과 생활 근거지가 해당 주택에 있는 사람
• 투자 목적이 아니라 실제 주거 목적으로 보유한 사람
• 주택가격 상승과 관계없이 장기간 생활한 원주민

다만 실거주자라고 해서 반드시 세금이 줄어드는 것은 아닙니다.

현재보다 최대 공제율이 낮아지거나 초고가주택에 별도의 공제한도가 도입되면, 장기 실거주자도 세 부담이 늘어날 수 있습니다.

따라서 실거주 중심 전환은 비거주자와 비교해 상대적으로 유리해진다는 의미이지, 현재보다 무조건 세금이 줄어든다는 의미는 아닙니다.

2. 주거 이전을 위해 기존 주택을 매도하는 실수요자

양도세 공제의 목적을 실제 거주자의 주거 이전 보장에 둔다면, 오랫동안 거주한 집을 팔아 다른 집으로 옮기는 사람도 상대적으로 보호받을 가능성이 있습니다.

토론회에서도 실거주 1주택자의 경우 거주 이전의 자유를 보장하기 위해 양도세 부담을 줄일 필요가 있다는 의견이 제시됐습니다. 다만 초고가주택까지 같은 수준으로 보호할 것인지에 대해서는 별도의 한도가 필요하다는 지적도 나왔습니다.

3. 중저가 실거주 1주택자

개편 과정에서 일반적인 가격대의 실거주 1주택자와 초고가주택 보유자를 구분한다면 중저가 실거주자는 상대적으로 유리할 수 있습니다.

정부가 실거주자 보호라는 방향을 유지하면서 고가주택의 공제만 축소한다면, 일반 실수요자에게 미치는 영향은 제한될 가능성이 있습니다.

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누가 불리해질까?

1. 오래 보유했지만 실제로 거주하지 않은 1주택자

가장 직접적으로 불리해질 가능성이 높은 유형입니다.

예를 들어 다음과 같은 경우입니다.

• 서울 주택을 장기간 임대하고 본인은 지방에서 거주한 경우
• 부모에게 물려받은 주택을 보유하면서 임대를 준 경우
• 해외 근무 중 국내 주택을 계속 보유한 경우
• 직장 때문에 다른 지역에서 장기간 전세로 거주한 경우
• 노후를 대비해 주택 한 채를 미리 취득한 뒤 임대한 경우

현행 종부세에서는 실제 거주하지 않아도 보유기간에 따라 최대 50%의 장기보유 세액공제를 받을 수 있습니다.

양도세 역시 일정 요건을 갖추면 보유기간에 따른 장기보유특별공제율을 최대 40%까지 적용할 수 있습니다.

이 보유기간 공제가 축소되거나 실거주 공제로 대체되면 세 부담이 커질 수 있습니다.

2. 고령이지만 해당 주택에 오래 거주하지 않은 사람

현행 종부세는 만 70세 이상인 1세대 1주택자에게 40%의 고령자 세액공제를 적용합니다.

장기보유 공제와 합산하면 최대 80%까지 공제받을 수 있습니다.

그러나 공제체계가 실거주 중심으로 바뀌면서 고령자 공제율이나 전체 공제한도가 낮아진다면, 고령이지만 해당 주택에서 오래 거주하지 않은 사람은 불리해질 수 있습니다.

특히 소득은 많지 않지만 오래전에 취득한 주택가격이 크게 상승한 은퇴자의 경우 현금흐름 부담이 문제가 될 수 있습니다.

따라서 공제를 줄이더라도 고령자의 납부유예, 상속·처분 시 정산 등 별도의 보완장치가 함께 논의될 필요가 있습니다.

3. 직장·학업·간병 등으로 거주지를 자주 옮긴 사람

실거주기간만을 기계적으로 적용하면 불가피한 사정으로 한 주택에서 계속 거주하지 못한 사람이 불리해질 수 있습니다.

예를 들어 다음과 같습니다.

• 지방 발령이나 해외 파견
• 자녀 교육을 위한 일시적 이사
• 부모 간병을 위한 거주지 이전
• 재건축·재개발로 인한 임시 이주
• 질병 치료를 위한 장기 전출
• 군 복무나 기숙사 생활

주택을 실제 생활 기반으로 사용했지만 주민등록이나 물리적 거주기간이 단절됐다면, 실거주기간을 어떻게 인정할 것인지가 중요한 쟁점이 됩니다.

4. 초고가 1주택자

초고가 1주택자는 실제 거주하더라도 세 부담이 늘어날 가능성이 있습니다.

이번 토론회에서는 시가 40억원 또는 50억원 수준을 초고가주택 기준으로 검토하거나, 일정 가액을 초과하면 공제율을 낮추고 최대 공제한도를 제한하자는 의견도 제시됐습니다.

따라서 초고가주택은 실거주 여부와 별개로 실거주하면 일정 공제를 적용하되 주택가액이 지나치게 높으면 공제한도를 축소와 같은 이중 기준이 적용될 수 있습니다.

이 경우 강남 등 고가주택에서 장기간 거주한 1주택자는 실거주자라는 점에서는 유리하지만, 초고가주택이라는 점에서는 불리할 수 있습니다.

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사례로 비교해 보면

다음 두 사람을 비교해 볼 수 있습니다.

구분	A씨	B씨
보유기간	15년	15년
실제 거주기간	15년	2년
나머지 기간	계속 실거주	임대
현행 종부세 장기보유 공제	50%	50%
실거주 중심 개편 시	공제 유지 가능성 높음	공제 축소 가능성 높음
현행 양도세 장특공제	보유 40% + 거주 40%	보유 40% + 거주 8%
보유 공제 폐지 시	거주 공제 중심으로 보호 가능	세 부담 증가 가능성 큼

현행 종부세에서는 두 사람 모두 15년을 보유했다면 장기보유 세액공제율은 동일합니다.

그러나 실거주 중심으로 전환하면 A씨와 B씨의 공제율 차이가 커질 가능성이 있습니다.

양도세는 현재도 거주기간을 반영하기 때문에 이미 차이가 발생하지만, 보유기간 공제까지 폐지되면 B씨의 불이익이 더 커질 수 있습니다.

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실거주 중심 개편에 찬성하는 입장

찬성하는 입장에서는 주택 세제의 혜택은 실제 주거 목적으로 사용한 사람에게 돌아가야 한다고 봅니다.

단순히 주택을 오래 보유했다는 이유로 세금을 크게 줄여주면 다음과 같은 문제가 발생할 수 있습니다.

• 투자 목적의 장기보유를 지원할 수 있다.
• 매물을 시장에 내놓지 않는 동결효과가 커질 수 있다.
• 주택가격 상승으로 큰 양도차익을 얻어도 세 부담이 지나치게 낮아질 수 있다.
• 실제 거주자와 임대·투자 목적 보유자를 동일하게 취급할 수 있다.

특히 양도세는 부동산을 매각해 실현된 자본이득에 부과하는 세금이므로, 단순 보유기간보다 실제 거주 목적을 중심으로 공제해야 과세형평에 맞는다는 주장입니다.

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반대하거나 신중해야 한다는 입장

반대 입장에서는 장기보유 자체도 일정한 정책적 가치가 있다고 봅니다.

주택을 장기간 보유한 사람은 잦은 매매를 통한 단기차익을 추구한 사람이 아니며, 장기보유 공제는 물가상승으로 증가한 명목상 양도차익을 보완하는 역할도 합니다.

또한 실거주 중심으로만 공제하면 다음과 같은 문제가 생길 수 있습니다.

• 직장·학업·간병 등 불가피한 비거주자가 불리해진다.
• 임대주택 공급자의 세 부담이 늘어날 수 있다.
• 고령자의 보유세 부담이 급격히 증가할 수 있다.
• 거주기간을 채우기 위해 매도를 미루는 새로운 동결효과가 발생할 수 있다.
• 주민등록만 옮기는 형식적 거주 문제가 늘어날 수 있다.
• 실제 거주 여부를 확인하기 위한 행정비용과 분쟁이 증가할 수 있다.

결국 실제 거주자를 보호한다는 취지는 타당하더라도, 보유기간 공제를 전면 폐지하기보다는 보유와 거주를 적절하게 함께 반영해야 한다는 의견도 충분히 가능합니다.

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개편 시 반드시 정해야 할 쟁점

실거주 중심 개편이 현실화되려면 다음 기준이 구체적으로 정해져야 합니다.

실거주를 어떻게 증명할 것인가

주민등록만 둘 것인지, 실제 전기·수도 사용량과 생활 근거지까지 확인할 것인지가 문제입니다.

주민등록상 주소와 실제 거주지가 다른 경우도 많기 때문에 단순한 전입신고만으로 판단하면 형식적인 거주가 늘어날 수 있습니다.

거주기간을 합산할 것인가

10년을 연속으로 거주해야 하는지, 여러 차례 나누어 거주한 기간도 합산할 것인지 정해야 합니다.

불가피한 비거주기간을 인정할 것인가

해외근무, 지방발령, 입원, 간병, 재건축 이주 등은 실제 거주기간으로 인정하거나 별도의 예외를 둘 필요가 있습니다.

기존 보유자에게도 바로 적용할 것인가

이미 현행 공제를 예상하고 수십 년 동안 주택을 보유한 사람에게 새로운 기준을 즉시 적용하면 예측 가능성과 신뢰보호 문제가 발생할 수 있습니다.

따라서 취득시기나 보유기간에 따른 경과규정이 중요한 쟁점이 될 것입니다.

초고가주택 공제한도를 별도로 둘 것인가

실거주 1주택자라도 주택가액이 일정 금액을 초과하면 공제율을 낮출 것인지도 함께 결정해야 합니다.

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개인적인 생각

실제로 거주한 사람과 투자 목적으로 장기간 보유한 사람에게 동일한 공제를 적용하는 것은 과세형평 측면에서 재검토할 필요가 있습니다.

특히 종부세 장기보유 공제에 실거주 요건이 전혀 없다는 점은 실수요자 보호라는 취지와 다소 맞지 않는 부분이 있습니다.

다만 보유기간 공제를 모두 없애고 실거주기간만을 기준으로 삼는 것도 지나치게 단순한 접근이 될 수 있습니다.

장기보유자는 단기투자자와 성격이 다르고, 직장·가족·건강 문제로 실제 거주하지 못한 사정도 다양하기 때문입니다.

따라서 다음과 같이 보유기간과 거주기간을 함께 반영하되 실거주에 더 높은 비중을 두는 방식이 현실적으로 보입니다.

• 보유기간 공제는 축소하되 일정 부분 유지
• 고령·저소득 1주택자는 납부유예로 보호
• 직장·간병·재건축 등 불가피한 비거주는 예외 인정
• 기존 보유자에게 충분한 경과규정 적용

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마무리

실거주 중심 개편은 단순히 공제율을 조정하는 것을 넘어, 주택을 보유하는 목적과 실제 이용형태에 따라 세 부담을 달리하겠다는 논의입니다.

앞으로 발표되는 정책 방향과 세부 개편안을 꾸준히 살펴볼 필요가 있습니다. 우리 블로그에서도 관련 내용을 빠르게 정리하고 각자의 보유 상황에 어떤 영향을 미치는지 함께 살펴보겠습니다.

변화의 흐름을 놓치지 않고 자신에게 맞는 보유·거주·매도 전략을 차근차근 준비해 나가면 좋겠습니다.

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